Сохранены две основные черты оригинального Half-Life: Фримен сохраняет молчание всю игру и игрок не покидает его глаз (при этом, один из встречаемых вортигонтов говорит: «Другие глаза проглядывают в твоих»). Некоторые игроки жаловались на эти ограничения, ведь из-за них можно узнать лишь часть предыстории, и нельзя увидеть, что происходит в отсутствие Фримена или за его спиной. К тому же, создаётся ощущение, что даже сам Фримен знает больше, чем игрок. Хотя способ подачи сюжета, выбранный Valve, оригинален и хорошо способствует созданию атмосферы и вживанию в игру, многим хотелось бы узнать о сюжете больше, чем просто отдельные куски и огрызки информации, попадающиеся на глаза игроку.

Вдобавок к этим неясностям, легко заметить, что коллеги Гордона по «Чёрной Мезе» сильно постарели, а Аликс, запечатлённая на фотографии из «Чёрной Мезы» маленькой девочкой, успела вырасти. Гордон же, как выразился Илай Вэнс, «хорошо сохранился» — никаких признаков старения главного героя мы не замечаем. В игре нет чётких фактов относительно времени, прошедшего между двумя частями игры, однако можно примерно подсчитать, что оно составляет около 20 лет. Причиной этому является то, что Гордон был телепортирован G-Man’ом в стазис (измерение, далекое от времени и пространства), и это подтверждается странным «поездом между измерениями», в котором Фримен оказывается в финале обеих игр. Поэтому Фримен, находясь в совершенно другом измерении, в котором не идёт время, не старел и был своего рода «законсервирован», пока G-Man некоторое время спустя не вернул его в нормальное измерение, только в другие координаты пространства (восточноевропейский город) и времени (15—20 лет после исчезновения Фримена из привычного измерения относительно земного времени).

Конец Half-Life 2 также очень напоминает оригинальную игру: после завершения трудной борьбы против практически непобедимого противника Гордона вновь выдёргивает из реальности G-Man, управляющий потрясающими воображение, но необъяснимыми силами. Игрока поздравляют с успехом, но не дают никакой информации относительно будущего в измерении Земли после уничтожения телепорта Цитадели. Судьба главных персонажей — Аликс, Илая и Джудит — остаётся неизвестна. Лишь на немногие вопросы, которые оставила первая часть, даны ответы, но появились многие другие. Также многие игроки заявили, что они ожидали больше информации о G-Man’e.